Dans le cadre de ses compétences, un membre du Gouvernement wallon peut être amené à représenter la Belgique pendant une période de six mois dans une des formations du Conseil de l'Union européenne. Ces formations spécialisées sont composées de tous les Ministres des Etats membres concernés par un domaine (ex : tous les Ministres de l'agriculture européens pour le Conseil agriculture). Les formations sectorielles du Conseil de l'Union européenne se réunissent formellement plus ou moins régulièrement en fonction des domaines et de l'actualité (4 à 12 fois par an).

Pour ce qui a trait aux compétences qui concernent plusieurs ou toutes les entités fédérées belges, il existe un système de rotation puisque la Belgique ne dispose que d'un seul siège dans chaque formation spécialisée du Conseil de l'Union européenne. Ce système de tour de rôle a été institué par l'accord de coopération du 8 mars 1994 entre l'Etat fédéral, les Communautés et les Régions relatif à la représentation du Royaume de Belgique au sein du Conseil des Ministres de l'Union européenne.

L'entité fédérée qui représente la Belgique dans ces formations du Conseil défend la position belge et pas sa position propre. Cette position belge est coordonnée, dans le cadre d'une concertation, par la Direction générale coordination et affaires européennes du Service public fédéral Affaires étrangères.

La subsidiarité et la proportionnalité sont des principes fondamentaux de l'ordre juridique communautaire qui ont été introduits en 1992 par le Traité de Maastricht. Les protocoles n°1 et 2 du Traité de Lisbonne sont les références actuelles en la matière ainsi que l'article 5 du Traité de l'Union européenne.
Le principe de subsidiarité vise à assurer que, dans les domaines de compétence non-exclusive de l'Union européenne, les décisions soient prises à un niveau aussi proche que possible du citoyen. Dès lors, dans ces domaines, des tests d'opportunité doivent être systématiquement effectués afin d'assurer que l'action de l'Union européenne se justifie au regard des options disponibles aux niveaux national, régional ou local. L'application du principe de subsidiarité induit que l'Union n'agit dans un domaine de compétence non-exclusive que dans le cas où elle peut mieux réaliser l'objectif visé que les niveaux national, régional ou local. L'Union n'agit donc que si les objectifs de l'action envisagée seront mieux atteints à son niveau, en raison des dimensions ou des effets de l'action envisagée au plan européen.
Le principe de subsidiarité est étroitement lié au principe de proportionnalité qui suppose que l'action de l'Union ne doit pas excéder ce qui est nécessaire pour atteindre les objectifs du Traité. La proportionnalité est un principe directeur permettant de définir la manière (la forme, le contenu et l'ampleur de l'action communautaire) dont l'Union doit exercer ses compétences.
Les principes de subsidiarité et proportionnalité ont été identifiés comme des leviers efficaces de la gouvernance à niveaux multiples (ou "multi level governance") et jouent un rôle essentiel dans la stratégie européenne visant une meilleure réglementation.

Le protocole n°2 du Traité de Lisbonne fixe la procédure de contrôle de la subsidiarité et de la proportionnalité par les Parlements nationaux.

Les grands principes en sont les suivants :

Tout parlement national ou toute chambre de l'un de ces parlements peut, dans un délai de huit semaines à compter de la date de transmission d'un projet d'acte législatif dans les langues officielles de l'Union, adresser aux présidents du Parlement européen, du Conseil et de la Commission un avis motivé exposant les raisons pour lesquelles il estime que le projet en cause n'est pas conforme au principe de subsidiarité.

Chaque parlement national dispose de deux voix, réparties en fonction du système parlementaire national.

Au vu de la particularité du fédéralisme belge et de la déclaration de la Belgique annexée au Traité de Lisbonne en vertu de laquelle les assemblées parlementaires des Communautés et des Régions agissent, en fonction des compétences exercées par l'Union, comme composantes du système parlementaire national ou chambres du Parlement national, il a fallu trouver un mécanisme de répartition de ces deux voix entre les différentes assemblées du pays.

Un accord de coopération signé le 29 mars 2017 a réglé cette question. Il s’agit de l’Accord de coopération entre l’Etat fédéral, les Régions, les Communautés, la Commission communautaire française et la Commission communautaire commune relatif à l’exercice des compétences attribuées aux parlements nationaux par le Traité sur l’Union européenne, le Traité sur le fonctionnement de l’Union européenne et les Protocoles y annexés.

Dans le cas où les avis motivés sur le non-respect par un projet d'acte législatif du principe de subsidiarité représentent au moins un tiers de l'ensemble des voix attribuées aux parlements nationaux, le projet doit être réexaminé.
Ce seuil est d'un quart lorsqu'il s'agit d'un projet d'acte législatif présenté sur la base de l'article 76 du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne relatif à l'espace de liberté, de sécurité et de justice.

A l'occasion de ce réexamen, la Commission ou, le cas échéant, le groupe d'états membres, le Parlement européen, la Cour de justice, la Banque centrale européenne ou la Banque européenne d'investissement, si le projet d'acte législatif émane d'eux, peut décider, soit de maintenir le projet, soit de le modifier, soit de le retirer. Cette décision doit être motivée.

Dans le cadre de la procédure législative ordinaire (la codécision), dans le cas où les avis motivés sur le non-respect par une proposition d'acte législatif du principe de subsidiarité représentent au moins une majorité simple des voix attribuées aux parlements nationaux, la proposition doit être réexaminée.
A l'occasion de ce réexamen, la Commission peut décider, soit de maintenir la proposition, soit de la modifier, soit de la retirer.
Si elle choisit de la maintenir, la Commission devra, dans un avis motivé, justifier la raison pour laquelle elle estime que la proposition est conforme au principe de subsidiarité. Cet avis motivé ainsi que les avis motivés des parlements nationaux devront être soumis au législateur de l'Union afin d'être pris en compte dans le cadre de la procédure :

1. avant d'achever la première lecture, le législateur (le Parlement européen et le Conseil) examine si la proposition législative est compatible avec le principe de subsidiarité, en tenant compte en particulier des motifs invoqués et partagés par la majorité des parlements nationaux ainsi que de l'avis motivé de la Commission;
2. si, en vertu d'une majorité de 55 % des membres du Conseil ou d'une majorité des suffrages exprimés au Parlement européen, le législateur est d'avis que la proposition n'est pas compatible avec le principe de subsidiarité, l'examen de la proposition législative n'est pas poursuivi.

La Cour de justice de l'Union européenne est compétente pour se prononcer sur les recours pour violation, par un acte législatif, du principe de subsidiarité formé, par un état membre ou transmis par celui-ci conformément à son ordre juridique au nom de son parlement national ou d'une chambre de celui-ci.